Почему при обработке детали напильником деталь и напильник нагреваются? 

при выполнении работы над деталью и напильником увеличивается их внутренняя энергия

Современная физика трактует понятие теплоты как энергии, выделившейся в процессе движения и столкновения атомов и молекул в веществе. Такого же понятия в физике придерживаются и при появлении теплоты в узлах трения, деформации и изгибе.
Молекулы трущихся поверхностей, соударяясь друг с другом, начинают двигаться более интенсивно, и температура поверхностей повышается