Почему буквы е, ё, ю, я называют йотированными? Какие еще буквы можно было бы
также считать йотированными? В чем их отличие от е, ё, ю, я?

Их называют йотированными потому что у них по два звука,, например: 

е-(й,(э)

Думаю, что этот термин связан с : е [йэ], ё [йо], ю [йу], я [йа] - у каждой из них в начале находится звук [й], который, впрочем, исчезает при комбинации согласного и данной буквы (при этом согласный просто становится мягким). Что касается возможного наличия других йотированных букв в русском алфавите, я не уверена, есть ли они: возможно, они просто исчезли при развитии языка.