Как была организована военная служба, народов вошедших в состав России в 16 веке?

Было так:

все народы, которые теперь входили в состав Российской империи должны были нести военную службу.

Так, как они были окраиной, то могли охранять границы, вести патруль на территории, укреплять границы, служить в городе.

Кроме того, народы подобного статуса могли сопровождать какие-то грузы, бороться с преступностью и так далее.